PSEQ Commands in Exercise
From Statistical Genetics Courses
PSEQ Commands in Exercise
pseq help pseq help all pseq myproj new-project --resources hg19 pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz pseq myproj load-pheno --file phenotype.phe pseq myproj v-view | head pseq myproj i-view | head pseq myproj summary pseq myproj var-summary pseq myproj ind-summary pseq myproj loc-summary pseq myproj ref-summary pseq myproj seq-summary pseq myproj file-summary pseq myproj meta-summary pseq myproj v-stats pseq myproj i-stats | head pseq myproj tag-file --id 1 --name CEU pseq myproj tag-file --id 2 --name YRI pseq myproj var-summary pseq myproj v-freq | head pseq myproj v-freq --mask file=CEU | head pseq myproj v-freq --mask file=YRI | head pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | head pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | wc -l pseq myproj v-view --mask any.filter | wc -l pseq myproj var-set --group pass --mask any.filter.ex pseq myproj var-summary pseq myproj var-set --group pass_DP15 --mask include="DP>14" var=pass pseq myproj var-summary pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10 --mask geno=DP:ge:11 var=pass_DP15 pseq myproj var-summary pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU --mask file=CEU var=pass_DP15_DPgeno10 pseq myproj var-summary pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE --mask hwe=5.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU pseq myproj var-summary pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE pseq myproj var-summary pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 --mask "mac=1 maf=0.01" var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE pseq myproj var-summary pseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 > SNV_CEU.result head SNV_CEU.result cat SNV_CEU.result | awk '{if(FNR==1) print $0; if(NR>1) print $0 | "sort -k9"}' | grep -v "NA\s\+NA\s\+NA" | head pseq myproj assoc --tests fw vt --phenotype BMI pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 loc.group=refseq > SKAT_CEU.result pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include="DP>14" geno=DP:ge:11 file=CEU hwe=5.7e-7:1 "mac=1 maf=0.01" loc.group=refseq > SKAT_CEU.result head -20 SKAT_CEU.result cat SKAT_CEU.result | grep SKAT | grep -v "P=NA" | sort -k6 | head -15
