Difference between revisions of "PSEQ Commands in Exercise"

From Statistical Genetics Courses

Jump to: navigation, search
(Created page with "pseq help<br />pseq help all<br />pseq myproj new-project --resources hg19<br />pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg...")
 
 
(5 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
−
pseq help<br />pseq help all<br />pseq myproj new-project --resources hg19<br />pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz<br />pseq myproj load-pheno --file phenotype.phe<br />pseq myproj v-view | head<br />pseq myproj i-view | head<br />pseq myproj summary <br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj ind-summary<br />pseq myproj loc-summary<br />pseq myproj ref-summary<br />pseq myproj seq-summary<br />pseq myproj file-summary<br />pseq myproj meta-summary<br />pseq myproj v-stats<br />pseq myproj i-stats | head<br />pseq myproj tag-file --id 1 --name CEU<br />pseq myproj tag-file --id 2 --name YRI<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj v-freq | head <br />pseq myproj v-freq --mask file=CEU | head<br />pseq myproj v-freq --mask file=YRI | head<br />pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | head<br />pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | wc -l<br />pseq myproj v-view --mask any.filter | wc -l<br />pseq myproj var-set --group pass --mask any.filter.ex<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15 --mask include="DP>14" var=pass<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10 --mask geno=DP:ge:11 var=pass_DP15<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU --mask file=CEU var=pass_DP15_DPgeno10<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE --mask hwe=5.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 --mask "mac=1 maf=0.01" var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 > SNV_CEU.result <br />head SNV_CEU.result<br />cat SNV_CEU.result | awk '{if(FNR==1) print $0; if(NR>1) print $0 | "sort -k9"}' | grep -v "NA\s\+NA\s\+NA" | head<br />pseq myproj assoc --tests fw vt --phenotype BMI <br />pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 loc.group=refseq > SKAT_CEU.result<br />pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include="DP>14" geno=DP:ge:11 file=CEU hwe=5.7e-7:1 "mac=1 maf=0.01" loc.group=refseq > SKAT_CEU.result<br />head -20 SKAT_CEU.result<br />cat SKAT_CEU.result | grep SKAT | grep -v "P=NA" | sort -k6 | head -15
+
__NOTITLE__
 +
 
 +
==PSEQ Commands in Exercise==
 +
<pre>pseq help
 +
pseq help all
 +
pseq myproj new-project --resources hg19
 +
pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz
 +
pseq myproj load-pheno --file phenotype.phe
 +
pseq myproj v-view | head
 +
pseq myproj i-view | head
 +
pseq myproj summary  
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj ind-summary
 +
pseq myproj loc-summary
 +
pseq myproj ref-summary
 +
pseq myproj seq-summary
 +
pseq myproj file-summary
 +
pseq myproj meta-summary
 +
pseq myproj v-stats
 +
pseq myproj i-stats | head
 +
pseq myproj tag-file --id 1 --name CEU
 +
pseq myproj tag-file --id 2 --name YRI
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj v-freq | head  
 +
pseq myproj v-freq --mask file=CEU | head
 +
pseq myproj v-freq --mask file=YRI | head
 +
pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | head
 +
pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | wc -l
 +
pseq myproj v-view --mask any.filter | wc -l
 +
pseq myproj var-set --group pass --mask any.filter.ex
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj var-set --group pass_DP15 --mask include="DP>14" var=pass
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10 --mask geno=DP:ge:11 var=pass_DP15
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU --mask file=CEU var=pass_DP15_DPgeno10
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE --mask hwe=5.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 --mask "mac=1 maf=0.01" var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE
 +
pseq myproj var-summary
 +
pseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 > SNV_CEU.result  
 +
head SNV_CEU.result
 +
cat SNV_CEU.result | awk '{if(FNR==1) print $0; if(NR>1) print $0 | "sort -k9"}' | grep -v "NA\s\+NA\s\+NA" | head
 +
pseq myproj assoc --tests fw vt --phenotype BMI  
 +
pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 loc.group=refseq > SKAT_CEU.result
 +
pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include="DP>14" geno=DP:ge:11 file=CEU hwe=5.7e-7:1 "mac=1 maf=0.01" loc.group=refseq > SKAT_CEU.result
 +
head -20 SKAT_CEU.result
 +
cat SKAT_CEU.result | grep SKAT | grep -v "P=NA" | sort -k6 | head -15
 +
</pre>

Latest revision as of 15:56, 6 June 2018

PSEQ Commands in Exercise

pseq help
pseq help all
pseq myproj new-project --resources hg19
pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz
pseq myproj load-pheno --file phenotype.phe
pseq myproj v-view | head
pseq myproj i-view | head
pseq myproj summary 
pseq myproj var-summary
pseq myproj ind-summary
pseq myproj loc-summary
pseq myproj ref-summary
pseq myproj seq-summary
pseq myproj file-summary
pseq myproj meta-summary
pseq myproj v-stats
pseq myproj i-stats | head
pseq myproj tag-file --id 1 --name CEU
pseq myproj tag-file --id 2 --name YRI
pseq myproj var-summary
pseq myproj v-freq | head 
pseq myproj v-freq --mask file=CEU | head
pseq myproj v-freq --mask file=YRI | head
pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | head
pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | wc -l
pseq myproj v-view --mask any.filter | wc -l
pseq myproj var-set --group pass --mask any.filter.ex
pseq myproj var-summary
pseq myproj var-set --group pass_DP15 --mask include="DP>14" var=pass
pseq myproj var-summary
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10 --mask geno=DP:ge:11 var=pass_DP15
pseq myproj var-summary
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU --mask file=CEU var=pass_DP15_DPgeno10
pseq myproj var-summary
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE --mask hwe=5.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU
pseq myproj var-summary
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE
pseq myproj var-summary
pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 --mask "mac=1 maf=0.01" var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE
pseq myproj var-summary
pseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 > SNV_CEU.result 
head SNV_CEU.result
cat SNV_CEU.result | awk '{if(FNR==1) print $0; if(NR>1) print $0 | "sort -k9"}' | grep -v "NA\s\+NA\s\+NA" | head
pseq myproj assoc --tests fw vt --phenotype BMI 
pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 loc.group=refseq > SKAT_CEU.result
pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include="DP>14" geno=DP:ge:11 file=CEU hwe=5.7e-7:1 "mac=1 maf=0.01" loc.group=refseq > SKAT_CEU.result
head -20 SKAT_CEU.result
cat SKAT_CEU.result | grep SKAT | grep -v "P=NA" | sort -k6 | head -15
Retrieved from "http://statgen.us/index.php?title=PSEQ_Commands_in_Exercise&oldid=566"