|
|
| Line 1: |
Line 1: |
| | __NOTITLE__ | | __NOTITLE__ |
| | | | |
| − | ==PSEQ Commands in Exercise== | + | ==Regression exercise== |
| | + | In R: |
| | | | |
| − | pseq help
| + | load("dbp.R") |
| − | pseq help all
| + | ls() |
| − | pseq myproj new-project --resources hg19
| + | dbp[1:5,] |
| − | pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz
| + | # |
| − | pseq myproj load-pheno --file phenotype.phe
| + | |
| − | pseq myproj v-view | head
| + | |
| − | pseq myproj i-view | head
| + | |
| − | pseq myproj summary
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj ind-summary
| + | |
| − | pseq myproj loc-summary
| + | |
| − | pseq myproj ref-summary
| + | |
| − | pseq myproj seq-summary
| + | |
| − | pseq myproj file-summary
| + | |
| − | pseq myproj meta-summary
| + | |
| − | pseq myproj v-stats
| + | |
| − | pseq myproj i-stats | head
| + | |
| − | pseq myproj tag-file --id 1 --name CEU
| + | |
| − | pseq myproj tag-file --id 2 --name YRI
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj v-freq | head
| + | |
| − | pseq myproj v-freq --mask file=CEU | head
| + | |
| − | pseq myproj v-freq --mask file=YRI | head
| + | |
| − | pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | head
| + | |
| − | pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | wc -l
| + | |
| − | pseq myproj v-view --mask any.filter | wc -l
| + | |
| − | pseq myproj var-set --group pass --mask any.filter.ex
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj var-set --group pass_DP15 --mask include="DP>14" var=pass
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10 --mask geno=DP:ge:11 var=pass_DP15
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU --mask file=CEU var=pass_DP15_DPgeno10
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE --mask hwe=5.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 --mask "mac=1 maf=0.01" var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE
| + | |
| − | pseq myproj var-summary
| + | |
| − | pseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 > SNV_CEU.result
| + | |
| − | head SNV_CEU.result
| + | |
| − | cat SNV_CEU.result | awk '{if(FNR==1) print $0; if(NR>1) print $0 | "sort -k9"}' | grep -v "NA\s\+NA\s\+NA" | head
| + | |
| − | pseq myproj assoc --tests fw vt --phenotype BMI
| + | |
| − | pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 loc.group=refseq > SKAT_CEU.result
| + | |
| − | pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include="DP>14" geno=DP:ge:11 file=CEU hwe=5.7e-7:1 "mac=1 maf=0.01" loc.group=refseq > SKAT_CEU.result
| + | |
| − | head -20 SKAT_CEU.result
| + | |
| − | cat SKAT_CEU.result | grep SKAT | grep -v "P=NA" | sort -k6 | head -15
| + | |
