__NOTITLE__
==PSEQ Commands in ExerciseRegression exercise==In R:
pseq helppseq help allpseq myproj new-project --resources hg19pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gzpseq myproj load-pheno --file phenotype.phepseq myproj v-view | headpseq myproj i-view | headpseq myproj summary pseq myproj var-summarypseq myproj ind-summarypseq myproj loc-summarypseq myproj ref-summarypseq myproj seq-summarypseq myproj file-summarypseq myproj meta-summarypseq myproj v-statspseq myproj i-stats | headpseq myproj tag-file --id 1 --name CEUpseq myproj tag-file --id 2 --name YRIpseq myproj var-summarypseq myproj v-freq | head pseq myproj v-freq --mask file=CEU | headpseq myproj v-freq --mask file=YRI | headpseq myproj v-view --mask any.filter.ex | headpseq myproj v-view --mask any.filter.ex | wc -lpseq myproj v-view --mask any.filter | wc -lpseq myproj var-set --group pass --mask any.filter.expseq myproj var-summarypseq myproj var-set --group pass_DP15 --mask include=("DP>14" var=passpseq myproj var-summarypseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10 --mask geno=DP:ge:11 var=pass_DP15pseq myproj var-summarypseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU --mask file=CEU var=pass_DP15_DPgeno10pseq myproj var-summarypseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE --mask hwe=5dbp.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_CEUpseq myproj var-summarypseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWEpseq myproj var-summarypseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 --mask R"mac=1 maf=0.01" var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE)pseq myproj var-summarypseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 > SNV_CEU.result head SNV_CEU.resultcat SNV_CEU.result | awk '{if ls(FNR==1) print $0; if(NR> dbp[1) print $0 | "sort -k9"}' | grep -v "NA\s\+NA\s\+NA" | headpseq myproj assoc --tests fw vt --phenotype BMI pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 loc.group=refseq > SKAT_CEU.resultpseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include="DP>14" geno=DP:ge:11 file=CEU hwe=5.7e-7:1 "mac=1 maf=0.01" loc.group=refseq > SKAT_CEU.result,]head -20 SKAT_CEU.resultcat SKAT_CEU.result | grep SKAT | grep -v "P=NA" | sort -k6 | head -15 #