__NOTITLE__ ==PSEQ Commands in Exercise== pseq help<br />pseq help all<br />pseq myproj new-project --resources hg19<br />pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz<br />pseq myproj load-pheno --file phenotype.phe<br />pseq myproj v-view | head<br />pseq myproj i-view | head<br />pseq myproj summary <br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj ind-summary<br />pseq myproj loc-summary<br />pseq myproj ref-summary<br />pseq myproj seq-summary<br />pseq myproj file-summary<br />pseq myproj meta-summary<br />pseq myproj v-stats<br />pseq myproj i-stats | head<br />pseq myproj tag-file --id 1 --name CEU<br />pseq myproj tag-file --id 2 --name YRI<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj v-freq | head <br />pseq myproj v-freq --mask file=CEU | head<br />pseq myproj v-freq --mask file=YRI | head<br />pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | head<br />pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | wc -l<br />pseq myproj v-view --mask any.filter | wc -l<br />pseq myproj var-set --group pass --mask any.filter.ex<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15 --mask include="DP>14" var=pass<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10 --mask geno=DP:ge:11 var=pass_DP15<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU --mask file=CEU var=pass_DP15_DPgeno10<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE --mask hwe=5.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 --mask "mac=1 maf=0.01" var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE<br />pseq myproj var-summary<br />pseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 > SNV_CEU.result <br />head SNV_CEU.result<br />cat SNV_CEU.result | awk '{if(FNR==1) print $0; if(NR>1) print $0 | "sort -k9"}' | grep -v "NA\s\+NA\s\+NA" | head<br />pseq myproj assoc --tests fw vt --phenotype BMI <br />pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 loc.group=refseq > SKAT_CEU.result<br />pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include="DP>14" geno=DP:ge:11 file=CEU hwe=5.7e-7:1 "mac=1 maf=0.01" loc.group=refseq > SKAT_CEU.result<br />head -20 SKAT_CEU.result<br />cat SKAT_CEU.result | grep SKAT | grep -v "P=NA" | sort -k6 | head -15