$yourpath/raremetalworker  --ped example1.ped --dat example1.dat --vcf example1.vcf.gz --traitName QT1 --inverseNormal --makeResiduals --kinSave --kinGeno --prefix STUDY1 

$youpath/raremetalworker  --ped example2.ped --dat example2.dat --vcf example2.vcf.gz --traitName QT1 --inverseNormal --makeResiduals --kinSave --kinGeno --prefix STUDY2

$yourpath/raremetal --summaryFiles summaryfiles --covFiles covfiles --groupFile group.file --SKAT --burden --MB --VT --hwe 1.0e-05 --callRate 0.95 --longOutput --tabulateHits --hitsCutoff 1e-05 --prefix COMBINED.QT1 --labelHits
